Основоположник отечественного карликового садоводства родился и вырос в семье учителя, в Орловской губернии. В 1930 году при поддержке руководства хозяйства, в котором работал Будаговский, поступил в Мичуринский институт селекции плодово-ягодных культур. В 1935 году, способный студент был одним из первых отмечен стипендией памяти И. В. Мичурина. После окончания института Валентин Иванович в 1936 году поступил на работу ассистентом на кафедру полодоводства своей alma mater. В 1940 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Вегетативно размножаемые подвои для яблони». В годы Великой Отечественной войны, в эвакуации, Будаговский работал директором сельскохозяйственного техникума в городе Горно-Алтайск.

Работы доктора сельскохозяйственных наук, профессора, заведующего кафедрой плодоводства, руководителя проблемной лаборатории высоко оценили ученые-плодоводы не только у нас в стране, но и за рубежом. Его докладу в Брюсселе рукоплескали садоводы 70 стран. В.И. Будаговский был награжден Орденом Трудового Красного Знамени (1961 г.), Орденом Ленина (1966 г.), двумя золотыми и тремя серебряными медалями ВДНХ, лауреат Государственной премии. Ему присвоено почетное звание Заслуженного деятеля науки РСФСР за заслуги в области садоводства и многолетнюю плодотворную научно-педагогическую деятельность (1970 г.). Лауреат Государственной премии РФ за селекцию зимостойких слаборослых подвоев яблони, их размножение и технологии возделывания интенсивных садов (1994, посмертно). Труды В.И. Будаговского получили признание в нашей стране и за рубежом. В 1969 г. Валентин Иванович получил письмо из Америки от профессора Ф. Чайлдерса, в котором он писал: «В следующее издание моей книги «Современное плодоводство» я желал бы включить Вашу фотографию наряду с некоторыми другими известными в мире плодоводами. Очень важно, чтобы студенты, садоводы и профессиональные работники были бы знакомы с лидерами мирового плодоводства, которые привели садоводство к его настоящему высокому уровню развития. Я высоко ценю Ваше участие в этих достижениях. Ваш выдающийся вклад в помологию должен быть отражен в капитальных изданиях». В университетах и научных учреждениях США имеются портреты В.И. Будаговского среди портретов известных ученых как признание его заслуг.